تفيد التقارير أن الحكومة المصرية التي يسيطر عليها الجيش قد اعتقلت ما لا يقل عن 50 ألف مصري تعتبرهم الحكومة معارضين لها، إما بسبب انتمائهم إلى جماعة الإخوان المسلمين أو بسبب التعبير عن وجهات نظر تُعتبر منتقدة للحكومة. لقد استخدمت الحكومة، ودون أي مظهر من مظاهر الإجراءات القانونية الواجب اتخاذها، الاختفاء القسري و"الاحتجاز السابق للمحاكمة" المتجدد إلى ما لا نهاية والذي استمر في كثير من الحالات لأكثر من خمس سنوات، كما أصدرت أحكامًا بالسجن لمدد طويلة وأحكاما جماعية أخرى بالإعدام في محاكمات مسيسة للغاية. بالإضافة إلى ذلك، فقد نفذت الحكومة عشرات الإعدامات والاعتداءات العنيفة على المتظاهرين خارج نطاق القضاء، بما في ذلك مذبحة ما يقرب من 1000 متظاهر في ميداني رابعة والنهضة في 14 أغسطس/ آب 2013، وهي أكبر مذبحة للمتظاهرين في يوم واحد في المنطقة وواحدة من أكبر المذابح في العالم. لقد أدت الظروف غير الإنسانية داخل السجون إلى مقتل العشرات من المعتقلين. تشمل الظروف الموثقة على نطاق واسع انتشار التعذيب الممنهج، والحرمان من الطعام ومن الرعاية الطبية، والقيود المشددة على الزيارات العائلية والقانونية.
وفي الوقت نفسه، شنت الحكومة حملة عسكرية مشكوك في أمرها في سيناء ضد الجماعات الإسلامية المتطرفة والمسلحة. وعلى الرغم من تواجد 40 ألف جندي في المنطقة، إلا أن الحكومة لم تتمكن من احتواء تمرد المتطرفين أو السيطرة الكاملة على المنطقة. واعتبارًا من أغسطس/ آب 2020، قُتل ما لا يقل عن 5000 شخص واعتقل 12000 آخرون في منطقة تعداد سكانها 500000 شخص.لقد أخلت الحكومة قسرا ما لا يقل عن 13 ألف أسرة تقطن في 79 كيلومترا مربعا قرب حدود غزة حيث دمرت المنازل والأراضي الزراعية والشركات في المنطقة المجاورة.
منذ توليها السلطة، استخدمت الحكومة المدعومة من الجيش قوانين جديدة أيضًا لتقييد حرية التعبير وحرية التجمع وحرية تكوين الجمعيات؛ كما أصدرت قوانين لـ"مكافحة الإرهاب" تتضمن عقوبات شديدة للتعبير السياسي الناقد؛ وحظرت فعليًا المنظمات غير الحكومية؛ وجرمت الجماعات المعارضة؛ وأعادت المحاكمات العسكرية للمدنيين؛ وأبعدت الجيش وميزانيته بالكامل عن المراقبة من طرف المدنيين.
هذا وتقدم الولايات المتحدة لمصر 1.3 مليار دولار من المساعدات العسكرية السنوية، متجاهلة في الوقت ذاته الانتهاكات الممنهجة لحقوق الإنسان التي ترتكبها الحكومة المصرية. إن الولايات المتحدة تحافظ على تعاون أمني ودبلوماسي وثيق مع الحكومة المصرية مما يعزز قدرة هذه الأخيرة على قمع مواطنيها. إن اعتماد مصر على المساعدات الأمريكية ساعد على ضمان امتثالها للأولويات الإستراتيجية للحكومة الأمريكية في المنطقة.
